民國前四年(1908年)日本東洋製糖株式會社在南靖創設南靖糖場，並於民國元年(明治45年，西元1912年)四月一日創立南靖尋常小學，只招收日本人子女。民國36年嘉義市私立台糖小學董事會籌辦小學，聘楊壽年為本校光復後首任校長，9月30日開學上課，稱為「嘉義市水上區南靖代用國民學校」，招收糖廠員工子弟，非台糖員工子弟就讀水上國小；民國39年10月因本省地方改制，本校改稱「嘉義縣」水上鄉南靖代用國民學校；民國39年成立靖西分校，非台糖員工的學生回到靖西分校就讀，民國45年1月設置靖西國民學校；民國57年實施義務教育改稱為南靖國小及靖西國小，所有學齡兒童不分員工或非員工均自由選擇學校入學；民國72年靖西改為南靖國小分校；民國104年靖西學生回到南靖國小就讀。